Annie de Musical vertelt het verhaal van het meisje Annie. Tijdens de crisis in de jaren dertig van de vorige eeuw woont Annie in een weeshuis. Maar op een dag verovert ze het hart van de geharde, steenrijke Daddy Warbucks. Ze mag daarom het weeshuis verlaten, dat gerund wordt door de gemene Miss Hannigan. Annie wil nog steeds graag haar echte ouders leren kennen. Daarom doet ze een oproep op de radio. Er melden zich veel mensen die zich voordoen als haar ouders om zo de beloning op te strijken. Warbucks komt hierachter en wil de oplichters opsporen.